Früheste Grundlage für die Militärverbindungsmissionen war das Londoner Abkommen über die Kontrolleinrichtungen in Deutschland zwischen Großbritannien, den USA und der Sowjetunion vom 14. November 1944, dem Frankreich im März 1945 beitrat. Darin kamen die Alliierten überein, in den späteren Besatzungszonen Deutschlands gegenseitige Verbindungsmissionen bei den Oberbefehlshabern der jeweiligen anderen Besatzungszonen zu akkreditieren. Nach dem Krieg existierten jedoch zunächst nur Erkundungsteams der Vier Mächte, die im Englischen als FIATs (Field Information Agency, Technical) bezeichnet wurden. Diese hatten die Aufgabe, die verbliebene technische Infrastruktur Deutschlands zu erfassen, insbesondere um das Land zu demilitarisieren, technische Entwicklungen und Fachpersonal zu übernehmen und Reparationsleistungen festzulegen. Zudem suchten sie nach Kriegsverbrechern sowie eigenen Vermissten, Kriegsgefangenen, Überläufern und Deserteuren. Um diese Aufgaben angesichts zunehmender Spannungen zwischen der Sowjetunion und den Westmächten auf sicherer rechtlicher Grundlage auch im jeweils anderen Teil Deutschlands wahrnehmen zu können, kam es schließlich zu Abkommen über die Militärverbindungsmissionen. Gemäß dem Huebner-Malinin Abkommen von 1947 hatten jeweils eine kleine Anzahl von Vertretern der vier Siegermächte Zugang zu den jeweiligen Sektoren von Deutschland und Berlin. und Ost-Berlin und sowjetische Teams Westdeutschland und West-Berlin. Bei den Amerikanern war dies die US Military Liason Mission (USMLM), bei den Briten war dies die BRXMIS (British Commanders in Chief Mission to the Soviet Forces), bei den Franzosen hieß es La Mission Militaire Francaise de Liaison (MMFL). Diese Einheiten waren sozusagen gegenseitig sanktionierte Spionageeinheiten. Die Mitglieder hatten diplomatischen Status. Sie überwachten das gegnerische Gebiet und klärten auf, ohne dass es die Gegenseite bemerken sollte. Als Ausrüstung durften sie keinen Funk noch Waffen haben. Teile, wie Truppenübungsplätze waren auch für die Missionen gesperrt, ansonsten durften sie sich frei bewegen. Als Aufklärungshilfsmittel gab es nur Fotoapparate. Es wurde alles fotografiert, was zu einer besseren Verständigung der jeweiligen Gegenseite für nützlich erschien. Die Exekutive des Landes hatte keine Verfügungsgewalt gegenüber den Militärmissionen. Nur eine andere Militärmission war berechtigt, Mitglieder einer gegnerischen Militärmission der Örtlichkeit zu verweisen.
Die Militärverbindungsmissionen betrieben zunächst weiterhin vorwiegend wirtschaftliche Überwachung einschließlich der landwirtschaftlichen Produktion. Mit der Verschärfung des Ost-West-Konflikts änderte sich auch der Auftrag der Missionen. Da sich deren Mitglieder – von besonderen gesperrten Bereichen abgesehen – frei bewegen konnten, konnten die früheren Verbündeten militärische Aufklärung direkt in den Besatzungszonen der Gegenseite und später in den beiden deutschen Staaten betreiben. Dabei traten sie in Uniform und offiziell markierten Fahrzeugen, unbewaffnet und ohne Funkausrüstung auf. Sie versuchten insbesondere Truppenbewegungen und neues Militärgerät fotografisch zu dokumentieren und elektronisch aufzuklären. Zudem bargen sie liegen gebliebene Ausrüstung und Munition von Übungsplätzen, erkundeten die Transportkapazitäten von Straßen und Bahnstrecken, vermaßen Fahrzeuge und montierten gelegentlich Teile davon ab. Auch führten sie Informanten;[10] die sowjetischen Missionen betrieben darüber hinaus weitere nachrichtendienstliche Methoden wie den Austausch mit Agenten über tote Briefkästen.
Die Teams der westlichen Missionen durchsuchten regelmäßig Müllkippen in der Nähe sowjetischer Militärstandorte. Bei diesen Operationen, von den Briten „Tamarisk“, später „Tomahawk“ genannt, von den Amerikanern „Sand Dune“, wurden unter anderem zahlreiche Geheimunterlagen gefunden, die von den Truppen teilweise als Ersatz für unzureichend vorhandenes Toilettenpapier verwendet worden waren. Krankenhausabfälle lieferten zudem Erkenntnisse über die Gesundheitssituation in der GSSD und Verwundungen – einschließlich durch chemische Waffen – sowjetischer Soldaten in Afghanistan, die zur Behandlung in die DDR verlegt worden waren.
Zur Kennzeichnung der für die Missionen gesperrten Gebiete tauschten alle Seiten entsprechend markierte Karten aus. Diese Markierungen wurden auch weitestgehend respektiert. Bei Militärmanövern und großräumigen Truppenverlegungen wurden so genannte zeitweilige Sperrgebiete eingerichtet, die jedoch vielfach missachtet wurden. Zeitweise waren bis zu vierzig Prozent des DDR-Gebiets für die westlichen Missionen gesperrt.] Grundsätzlich nicht beachtet wurden von sowjetischen und DDR-Stellen aufgestellte Verbotsschilder, die lokale Objekte vor der Überwachung durch die westlichen Missionen schützen sollten. Da es hierfür keine Grundlage in den Abkommen gab, wurden diese ignoriert oder als Souvenir abmontiert, als Markierung zeitweiliger Sperrzonen auch unkenntlich gemacht oder schlicht umfahren, um bei einer eventuellen Festnahme durch sowjetische Truppen Unkenntnis vorschützen zu können.
Festnahmen durften ausschließlich durch Militärangehörige des jeweiligen Vertragspartners erfolgen